福建中医药大学研究生教育起步于20世纪80年代。1985年，我校被国务院学位委员会批准为具有硕士学位授予权的单位，1998年，被国务院学位委员会批准为具有博士学位授予权的单位。经过近三十年的努力，我校学位与研究生教育工作取得了重大成绩，已建立起具有一定规模、学科比较齐全、多层次、多形式的学位与研究生教育体系：是有权推荐优秀本科应届毕业生免试攻读硕士学位单位；是在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位单位；是开展临床医学硕士专业学位工作单位；是开展高校教师在职攻读硕士学位单位。
　　现有中医学、中西医结合2个博士学位授权一级学科，涵盖15个博士学位授权点，有临床医学、中医学、中西医结合、药学、中药学、护理学6个硕士学位授权一级学科，涵盖41个硕士学位授权点，有临床医学、中药学2个硕士专业学位类别；目前在校博士生88人，硕士生1100人，其它各类在职申请硕士学位人员达160多人。
　　近年来，我校在努力扩大研究生招生规模的同时，狠抓培养质量，在研究生教育的各个环节上从严把关，建立了一整套管理制度并制定了一系列研究生教育工作的有关规定，使工作有章可循，确保了研究生的培养质量。目前我校已有3个福建省研究生创新基地，1门福建省优质硕士学位课程，３门福建省优质硕士学位立项建设课程及7门福建中医药大学优质硕士学位立项建设课程。研究生积极参与各级各类学术科技竞赛并取得了优异成绩，研究生就业率也一直保持在90%以上，用人单位对我校的毕业生给予了高度的关注和评价。
　　福建中医药大学学位与研究生教育将紧密围绕 “十二五”规划中的目标定位和任务要求，以学校向教学科研型转型和海峡西岸经济区建设为契机，大力加强内涵建设，改革管理运行机制，优化学位点布局，创新培养模式，提高培养质量，促进学校办学水平和核心竞争力的提升。